Фамилия Бедуганова — женская форма редкой фамилии Бедуганов. Её основа сразу бросается в глаза: корень «бедуг-» звучит нехарактерно для славянских языков, что указывает на тюркское происхождение. В татарском, башкирском и казахском языках есть слово «бәдүг» (или «бедуг») — так называли человека невысокого роста, коренастого, плотного. В переносном смысле — «крепкий, сбитый». Прозвище Бедуган могли дать либо за внешность, либо по характеру: упрямый, несговорчивый, «коренастый» в переносном смысле.

Суффикс «-ан» в основе — типичный для тюркских прозвищ и имён, он придаёт значение «тот, кто обладает таким качеством». А русский суффикс «-ов» превратил прозвище в фамилию по стандартной модели: Бедуган → Бедуганов. Такая схема была распространена в XVI–XVII веках среди служилых татар и башкир, переходивших на русскую службу и получавших фамилии по отцу.

Географически фамилия тяготеет к южному Уралу и Поволжью — территориям, где веками жили тюркские народы в соседстве с русскими. Встречается она и у татар-мишарей, и у русских, чьи предки могли перенять прозвище от соседей. В дореволюционных метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний фамилия фиксируется именно как Бедугановы — с ударением на второй слог.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в одном ряду с такими редкими тюркскими основами, как Буганов (от «буга» — бык) или Туганов (от «туган» — родной). Но если эти фамилии более распространены, то Бедуганов — штучная, почти исчезнувшая. В советских справочниках она не попала в списки частотных, что подтверждает её локальный характер.

Есть и спорная версия: связь с диалектным русским словом «бедуга» — так в некоторых говорах называли беду, несчастье. Но эта гипотеза слабая: тюркский корень объясняет и значение, и регион бытования, а русская диалектная лексика таких форм не даёт.