Фамилия Бегнепесов — редкий пример фамилии, образованной от полного арабского имени с туркменским суффиксом. В основе лежит имя Бегнепес, которое состоит из двух частей: «бег» (туркм. «бек», «господин», «князь») и «непес» (араб. «дыхание», «жизнь», «душа»). В буквальном прочтении — «господин дыхания» или «владыка жизни», что звучит как поэтический титул. Однако на практике это имя чаще всего давали с пожеланием долгой и благополучной жизни, как оберег.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилий, которая в XIX–XX веках активно проникала в туркменскую среду через делопроизводство Российской империи и советские паспортные столы. В самой Туркмении исконная форма фамилии могла звучать как Бегнепесов, но без окончания — просто Бегнепес, по аналогии с другими тюркскими фамилиями без суффикса. Окончание -ов закрепилось в документах при русификации.

Географически фамилия почти целиком привязана к Туркменистану, особенно к южным и центральным районам, где были распространены имена с компонентом «бег». Носители фамилии, скорее всего, происходят из оседлых туркменских родов, где имя Бегнепес могло передаваться по мужской линии как родовое прозвище. Встречается фамилия и в Казахстане, Узбекистане, но редко — как след миграции.

По словообразовательной модели фамилия Бегнепесов стоит в ряду таких же туркменских фамилий, как Аннанепесов, Худайнепесов, где «непес» — второй компонент. Это не фамилия от прозвища или ремесла, а от личного имени, которое несло в себе пожелание. Социально предки — скорее всего, не кочевые скотоводы, а земледельцы или ремесленники, так как имя с «бегом» часто давали в семьях, стремившихся подчеркнуть статус, пусть и символический.

Сведений о дворянском происхождении или массовом распространении фамилии за пределами Средней Азии нет. Это типичная «паспортная» фамилия советского времени, когда национальные имена адаптировали под русскую грамматику.