Фамилия Бекнепесова — яркий пример того, как тюркское имя и русский суффикс сплелись в одну фамилию. Её основа — мужское личное имя Бекнепес, которое состоит из двух частей: «бек» (господин, князь, повелитель) и «непес» (от арабского «нафис» — драгоценный, ценный, изящный). Таким образом, имя Бекнепес переводится как «драгоценный господин» или «князь-драгоценность». Встречается и вариант «непес» как «внук» или «потомок», что даёт значение «господин-потомок», но первая версия с «драгоценным» более распространена в ономастике.

Суффикс «-ов(а)» в конце — классический русский патронимический показатель. Он указывает на принадлежность к роду: Бекнепесова — это дочь или жена человека по имени Бекнепес. Такая модель образования фамилий характерна для народов, вошедших в состав Российской империи в XIX–XX веках, особенно для туркмен, казахов и каракалпаков, где имена с компонентом «бек» были широко распространены среди знати и зажиточных слоёв. В отличие от многих других фамилий на «-ов», здесь нет промежуточной стадии прозвища — фамилия прямо произошла от личного имени.

Географически фамилия Бекнепесова тяготеет к Туркменистану и прилегающим регионам Узбекистана (особенно Хорезмская область). В русскоязычной среде она редка и встречается в основном у потомков туркменских переселенцев. Интересно, что в дореволюционных записях фамилия могла писаться слитно, без двойной «с» — «Бекнепесова», но со временем закрепилась форма с удвоением, чтобы избежать путаницы с ударением. Встречаются также варианты Бекнепесов (мужской род) и Бекнепес (без суффикса, как фамилия-имя).

Социальный контекст фамилии двоякий. С одной стороны, компонент «бек» намекает на возможное происхождение от местной знати или служилых людей. С другой — многие тюркские имена с «бек» в XIX веке давали детям в знак уважения, даже если семья не обладала реальной властью. Поэтому Бекнепесовы могли быть как потомками родовых старшин, так и простыми скотоводами или ремесленниками, чей предок носил звучное имя.

В отличие от фамилий на «-оглы» или «-заде», суффикс «-ов» в Бекнепесовой — это прямое свидетельство ассимиляции в русскую административную систему. Фамилия не несёт в себе указания на профессию или место жительства, а целиком построена на личном имени, что делает её «чистой» патронимикой. Если искать аналоги, то это тот же тип, что и Иванов, только с тюркским корнем.