Фамилия Бегоягн — редкий случай среди русских фамилий, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза: окончание -ян, типичное для армянских фамилий, указывает на принадлежность к роду или происхождение из какой-либо местности. Однако основа «Бего-» не является распространённым армянским корнем, что заставляет искать другие версии.

Вероятнее всего, фамилия Бегоягн — это искажённая или адаптированная на русской почве форма армянской фамилии. Исходным вариантом могло быть «Бегоян» (от имени или прозвища Бего, которое, в свою очередь, могло быть сокращением от армянского имени, например, Григор или Барсег). Появление буквы «г» в середине (Бего-ягн) — типичный результат фонетических изменений при записи фамилии в русских документах (например, в метрических книгах или переписях). В армянском языке суффикс -ян означает «из рода такого-то», так что предок носителя этой фамилии, скорее всего, был известен как Бего или происходил из рода Бего.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В них слово «бег» или «бек» означает «господин», «князь». Если фамилия образована от этого корня, то «Бегоягн» могло возникнуть как слияние тюркской основы и армянского суффикса, что случалось в регионах со смешанным населением (например, в Закавказье). Однако эта гипотеза слабее, так как суффикс -ян почти однозначно указывает на армянскую модель фамилии.

В русском контексте фамилия Бегоягн не имеет славянских суффиксов (-ов, -ин, -ский), поэтому её носители — это, скорее всего, потомки армян, переселившихся на территорию Российской империи. Географически фамилия могла закрепиться в южных регионах России, на Кубани или в Ставрополье, где исторически были армянские общины. Точное значение прозвища «Бего» сегодня установить трудно: это могло быть и личное имя, и прозвище по профессии или внешности. В любом случае, фамилия Бегоягн — живой след межкультурных контактов и адаптации языка в документах.