Фамилия Бекбенбетов происходит от личного имени Бекбенбет — диалектной формы тюркского мужского имени Бекмагамбет. В основе лежит сложная конструкция из двух частей: «бек» (в тюркских языках — «господин, князь, повелитель») и «Магамбет» — народного варианта имени Мухаммет, которое в переводе с арабского означает «восхваляемый, прославляемый». Таким образом, имя Бекбенбет можно истолковать как «господин, подобный Магамбету» или «князь Мухаммед».

Фамилию образовали по русской модели с патронимическим суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «сын Бекбенбета». Типичная для XIX–XX веков русификация тюркских имен: к основе добавили фамильный формант, и имя предка закрепилось как фамилия.

Слово «бек» в составе фамилии — не просто титул. В кочевых обществах Средней Азии и Казахстана так называли родовых старейшин или военных предводителей. Поэтому предки носителей фамилии могли принадлежать к уважаемому роду или же имя дали в честь знатного предка. Вторая часть имени («Магамбет») выдает связь с исламской традицией: имя пророка Мухаммеда было широко распространено среди тюркских народов, но часто приобретало местные фонетические формы.

Диалектная замена «ма» на «бе» в корне — характерная черта некоторых говоров казахского и киргизского языков. Встречаются также родственные фамилии: Бекмагамбетов, Бекбенбетов, Бекмухамбетов. Разница в написании отражает не ошибку, а живые региональные произносительные нормы. Поскольку фамилия редкая и узко локальная, точная география ее бытования требует уточнения, но скорее всего она связана с западными или южными регионами Казахстана, где такие фонетические сдвиги встречаются чаще.

Сословная принадлежность предков Бекбенбетовых могла быть разной: от потомков старшин до простых скотоводов, носивших имя в честь почитаемого святого или предка. Русский суффикс -ов не дает подсказки о социальном статусе, так как по этой модели оформляли фамилии всем слоям населения при переходе к оседлости и документации в Российской империи.