Фамилия Бекпенбетова — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а сложное тюркское имя, переработанное русской суффиксацией. Разбирать её стоит с конца: суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на принадлежность — «чей?». В русской традиции так образовывали фамилии от имён и прозвищ отца. Значит, предок носителя этой фамилии звался Бекпенбет.

Само имя Бекпенбет — составное, типичное для казахской и других тюркских антропонимических систем. Первая часть, «бек» (или «бий»), означает «господин», «князь», «вождь». В тюркских обществах это был титул знатного человека или военачальника. Вторая часть — «пенбет» — это, скорее всего, искажённая или диалектная форма арабского имени «Мухаммед» (или его варианта «Мамбет»). В казахском языке имя «Мамбет» (вариант «Мухаммеда») очень распространено, а звук «п» в начале слова мог появиться из-за особенностей произношения или при записи имени русскими чиновниками. Получается, что Бекпенбет буквально означает «господин Мухаммед» или «князь Мухаммед».

Такая модель образования фамилии — от полного, а не усечённого имени — встречается реже, чем, например, от имён типа Ахмет (Ахметов) или Бек (Беков). Она говорит о том, что имя Бекпенбет воспринималось как единое целое, а не как прозвище. Скорее всего, предки носителей этой фамилии жили в казахской степи, в районах, где русская администрация активно фиксировала население по отчеству в XIX — начале XX века. Фамилия Бекпенбетова не упоминается в классических словарях русских фамилий (вроде Унбегауна или Веселовского), что подтверждает её позднее происхождение и чёткую региональную привязку к Северному Казахстану или прилегающим областям. Встречается она и в Башкортостане, где тюркские имена также были основой для русских по форме фамилий.