Фамилия Бекпембетова — характерный пример тюркской антропонимии, адаптированной русской грамматикой. В её основе лежит мужское имя Бекпембет, которое состоит из двух компонентов. Первый, «бек» (или «бий»), в тюркских языках означает «господин», «князь», «предводитель» — титул, который входил в состав множества имён, подчёркивая знатность или власть. Второй элемент — «пембет» — это фонетический вариант имени Памбет, которое, в свою очередь, восходит к арабскому «Мухаммад» (прославленный, достохвальный). Таким образом, Бекпембет буквально значит «господин Мухаммад» или «князь Мухаммад» — имя, которое давали в честь пророка, но с добавлением социального титула.

Формант «-ова» в окончании указывает на принадлежность: это притяжательная форма, которая в русской традиции закрепилась за женщинами или детьми. То есть Бекпембетова — это либо жена, либо дочь Бекпембета. В среде носителей фамилии (казахи, каракалпаки, ногайцы, отчасти башкиры) такие фамилии часто образовывали от имени отца или деда, фиксируя род по мужской линии.

Географически фамилия тяготеет к западному Казахстану и северному Прикаспию, где распространён диалект с характерным произношением «пембет» вместо «мамбет» или «мухаммед». Встречаются варианты написания: Бекпембетов (мужская форма), реже — Бекпембет, без русского окончания. Интересно, что в некоторых тюркских языках имя Бекпембет могло стать прозвищем для человека, который носил имя Пембет, но имел авторитет или должность, сравнимую с бекской.

Социально носители фамилии в прошлом относились к свободным общинникам или мелкой знати (бекам), но не к высшей аристократии — султанам. Фамилия не несёт следов крепостного права, так как у кочевых народов его не было. Сегодня Бекпембетова — нечастая фамилия, её можно встретить в Оренбургской, Астраханской областях России и в западных областях Казахстана.