Фамилия Бекенштейн — это пример фамилии, которая прямо указывает на ландшафтную особенность или имеет искусственное происхождение. В её основе лежит немецкое сложное слово, которое разбирается на две части: «Bekken» (от «Bach» — поток, ручей) и «Stein» — камень. Таким образом, буквальное значение прозвища Beckenstein — «поток камней» или «каменный ручей». Скорее всего, первый носитель такой фамилии жил у ручья, русло которого было каменистым, или неподалёку от места, где было много камней.

Однако существует и вторая версия, которую нельзя игнорировать. Фамилия Бекенштейн (в немецком написании Beckenstein) может иметь искусственное происхождение и относиться к числу так называемых «украшательных» еврейских фамилий, которые в XVIII–XIX веках часто составляли из двух немецких корней. В этом случае «каменный поток» — не описание места жительства, а просто красивое, благозвучное сочетание, которое должно было заменить традиционное патронимическое именование.

Самая примечательная страница в истории этой фамилии связана с конкретным человеком. Иоганн-Симон Бекенштейн (1684–1742) был русским академиком, которого в 1725 году специально пригласили из Кёнигсберга, где он состоял доцентом, в только что созданную Петербургскую Академию наук. Он занял кафедру правоведения. Помимо юридических трудов, Бекенштейн известен тем, что в 1727 году напечатал приветственные стихи Петру II по случаю обручения императора с княжной Меншиковой, а для обучения юного государя геральдике издал пособие «Kurze Einleitung zur Wappen-Kunst» («Краткое введение в искусство гербов»). Этот случай показывает, что уже в первой трети XVIII века фамилия Бекенштейн была на слуху в академических кругах России.