Фамилия Бекмолдаев — яркий пример тюрко-персидского именослова, прижившегося на русской почве. Её основа — составное имя Бекмолда (или Бекмулда), где первая часть «бек» (тюрк.) означает «господин, князь, вождь», а вторая восходит к арабскому «мулла» — «учёный, учитель, служитель культа». В буквальном прочтении имя означает «господин-мулла» или «князь-священнослужитель». Это не рядовое прозвище, а указание на высокий социальный статус: так могли назвать человека, который сочетал в себе знатное происхождение и религиозное образование, либо же это имя давали в честь уважаемого предка-духовника.

Словообразовательная модель типична для русификации тюркских фамилий: к основе на гласный (-а) добавляется русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). Таким образом, Бекмолдаев буквально означает «сын Бекмолды». Фамилия не имеет варианта на -ин, так как основа не оканчивается на -а/-я в русской морфологической адаптации (ср. Бекмухаммедов, но Бекмурзин).

Географически фамилия распространена прежде всего среди народов, испытавших сильное влияние ислама и тюркской аристократической традиции: казахов, киргизов, каракалпаков, а также у татар и башкир. В России чаще всего встречается в Оренбургской, Астраханской областях и в республиках Северного Кавказа, где исторически были сильны мусульманские общины. Написание с буквой «о» во втором слоге (Бекмолдаев) — результат адаптации тюркского «у»/«о» к русской орфографии: в оригинале имя могло звучать как Бекмулда, но в документах закрепился более привычный для русского уха вариант.

В отличие от фамилий, образованных от чисто тюркских титулов (например, Беков), Бекмолдаев несёт двойную семантику — светскую власть и религиозный авторитет. Это редкий случай, когда в одной основе слились два социальных полюса традиционного восточного общества: военная знать и духовенство. Вероятно, предки носителя фамилии были либо потомственными муллами из знатного рода, либо получили такое имя как почётное прозвание за заслуги перед общиной.