Фамилия Бектепергенова — редкий случай в русском ономастиконе. Она явно не славянского происхождения, а восходит к тюркским языкам. Её основа — мужское имя Бектеперген, которое состоит из нескольких частей. «Бек» — распространённый тюркский титул, означающий «господин», «князь», «вождь». Вторая часть, «теперген», скорее всего, восходит к глаголу со значением «находить», «обретать» или «давать». Таким образом, имя Бектеперген можно истолковать как «Бек, который дарует» или «обретённый беком».

Женский суффикс -ова в конце указывает на то, что фамилия принадлежит женщине. Мужской вариант — Бектепергенов. Такая модель образования — добавление русского патронимического суффикса к тюркскому имени — типична для народов Поволжья, Приуралья и Кавказа, которые в XIX–XX веках массово получали фамилии по отцу. В данном случае предок носителя фамилии, скорее всего, носил имя Бектеперген, и его дети стали Бектепергеновыми.

Географически фамилия Бектепергенова встречается в основном среди карачаево-балкарского, кумыкского или ногайского населения, реже — у казахов и башкир. Точное происхождение имени может различаться в зависимости от региона: у карачаевцев и балкарцев «теперген» могло означать «ударивший» или «топнувший», что меняет смысл на «бек, который ударил» — возможно, прозвище воина или лидера.

С точки зрения словообразования, фамилия необычна тем, что сохранила полную форму имени без усечения. В отличие от многих адаптированных фамилий (например, Беков или Темиров), Бектепергенова не обрезана до одного корня — это указывает на относительно позднюю фиксацию, когда имя уже воспринималось как единое целое.