Фамилия Бенайтис звучит нехарактерно для русской среды, и это подсказка: она литовского происхождения. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, окончание -ис — типичный литовский патронимический суффикс (аналог русского -ович/-евич), указывающий на происхождение от отца. То есть Бенайтис — это буквально «сын Бенаса».

Основа фамилии — личное имя Бенас. В Литве Бенас — это краткая форма от Бенедиктас (аналог русского Венедикт или западного Бенедикт). Имя Бенедикт восходит к латинскому benedictus — «благословенный». Так что в глубине фамилия Бенайтис несёт значение «благословенный», хотя в бытовом употреблении оно стёрлось.

Географически фамилия плотнее всего привязана к Литве и, в меньшей степени, к Латвии. В России она встречается редко, чаще всего у потомков литовцев, переселившихся в XIX–XX веках. Известны случаи бытования фамилии среди староверов, живших в Литве, — там литовские окончания прирастали к русским именам, но здесь случай иной: имя Бенас — исконно литовское.

Спорных версий у этой фамилии почти нет. Единственное, что может ввести в заблуждение, — сходство с греческими фамилиями на -идис, но литовское происхождение подтверждается и типичным ударением (на первый слог), и словообразовательной моделью. Так что предки носителя фамилии Бенайтис — скорее всего, литовские крестьяне или ремесленники, получившие фамилию по отцу.