Фамилия Банайтис не входит в число массовых русских фамилий, и её происхождение неочевидно. Одна из версий связывает её с идишем: слово «банайте» означает «обновлённый». Если эта гипотеза верна, основатель рода мог быть евреем, а фамилия — искусственной или связанной с религиозным контекстом.

Вторая версия — географическая. Она выводит фамилию от топонима Банат. Это историческая область в юго-восточной Европе, в междуречье Муреша, Тисы и Дуная, с востока ограниченная Трансильванскими Альпами. Банат долгое время принадлежал Венгрии, с середины XVI до начала XVIII века находился в составе Австрии. В XVIII–XIX веках в результате колонизации в Банате сложился пёстрый этнический состав: румыны, сербы, хорваты, венгры, словаки, немцы и другие народы. Позже большая часть Баната отошла к Румынии, остальная — к Югославии. Если родоначальник Банайтис жил в этой области, фамилия могла указывать на его происхождение.

С точки зрения словообразования, суффикс -ис в фамилии Банайтис нетипичен для русской модели. Он скорее характерен для литовских фамилий (ср. Будрайтис, Ванайтис), где -итис — патронимический суффикс. Однако основа «банай» в литовском не имеет очевидного значения, и прямая литовская этимология маловероятна. Скорее всего, фамилия пришла в русский контекст через западные или южные регионы, возможно, из среды литовских евреев или из балканских переселенцев.

Таким образом, у фамилии Банайтис два основных объяснения: еврейское (от «обновлённый» на идише) и топонимическое (от названия области Банат). Оба варианта имеют право на существование, но ни один не подтверждён документально.