Фамилия Балайтис — типичный пример литовской фамилии, построенной по модели «основа + суффикс». В основе лежит прозвище Бала, которое восходит к литовскому слову bala — «болото». Человек мог получить такое прозвище, если жил в глухой, труднодоступной местности, у болота, или в уединении. Сама фамилия образована с помощью двух суффиксов: женского -айт- и мужского -ис. Такое сочетание — характерная черта литовской антропонимии: суффикс -айт- указывал на принадлежность к роду или происхождение (буквально «сын Балы»), а окончание -ис закрепило мужской род. Получается, что Балайтис — это «сын Балы», потомок человека, которого когда-то прозвали за связь с болотистой местностью.

Болота в Литве — не просто ландшафт, а часть национального самосознания. Раньше они занимали до 40 % территории страны, считались природным сокровищем и до сих пор охраняются государством. В таких местах водились аисты и вальдшнепы, росли клюква и брусника. Прозвище Бала могло закрепиться и за человеком, который жил на болоте, и за тем, кто промышлял сбором ягод или охотой в этих угодьях. Со временем, когда болота стали осушать, фамилия Балайтис осталась напоминанием о тех краях, где предки жили в окружении трясин и глухих лесов.

Словообразовательная модель с суффиксом -айт- (встречается также в фамилиях Барайтис, Рукштайтис) широко распространена в Литве, но почти не встречается за её пределами. Это сразу указывает на литовское происхождение носителей. Встречаются варианты написания — Балайтис, Балайтене (замужняя женщина), Балайтите (незамужняя девушка), но мужская форма -ис остаётся основной. Фамилия редкая, и её география, скорее всего, ограничена историческими регионами Литвы, где болота были особенно распространены — например, Жемайтией или Аукштайтией.