Фамилия Бакайтис — яркий пример литовской фамилии, которая попала в русский контекст и сохранила свою национальную форму. Она образована по типичной для литовского языка модели с суффиксом -айтис (-aitis), который указывает на происхождение от отца или предка, то есть является патронимическим. В данном случае основа — Бакас (Bakas). Следовательно, Бакайтис буквально означает «сын Бакаса» или «потомок Бакаса».

Сама основа Бакас в литовском языке имеет прозрачную этимологию. Слово bakas переводится как «удар», «толчок» или «сильный пинок». Вряд ли речь идет о буквальном значении — скорее всего, это было прозвище. Бакасом могли назвать человека энергичного, напористого, возможно, резкого в движениях или решениях. В переносном смысле так могли прозвать и того, кто «пробивает» дорогу, добивается своего напором.

Поскольку фамилии с суффиксом -айтис особенно характерны для северной и центральной Литвы (Жемайтия и Аукштайтия), носители фамилии Бакайтис, вероятно, происходят именно из этих регионов. В Российской империи после присоединения Литвы такие фамилии часто русифицировались, но Бакайтис сохранила исходное окончание, что говорит о сравнительно позднем появлении в русскоязычной среде или о сознательном сохранении литовского корня.

Встречается и вариант Бакайтис с ударением на второй слог, что свойственно литовской акцентной системе. Сравните с другими литовскими фамилиями той же модели: Буткус — Буткайтис, Янус — Янайтис. Таким образом, фамилия Бакайтис — это не случайное сочетание звуков, а точный патроним, указывающий на предка с прозвищем, связанным с силой, напором или активностью.