Фамилия Бабайтис — почти стопроцентный маркер литовского или латышского происхождения. В русском ухе она звучит непривычно, но для балтийских языков это стандартная патронимическая модель: суффикс -айтис (-aitis) в литовском или -айтис (-āts) в латышском означает «сын такого-то». То есть Бабайтис — это буквально «сын Бабаса» или «сын Бабы». И здесь мы упираемся в главный вопрос: что за имя или прозвище лежит в основе.

Самая прямая версия — личное имя Бабас. В Литве и Латвии встречаются мужские имена Babas и Babs, которые могли быть как самостоятельными, так и уменьшительными от более длинных имён (скажем, от Baltramiejus — литовский аналог Варфоломея). В таком случае фамилия Бабайтис означает «потомок Бабаса» и ничем не отличается от десятков тысяч других -айтис-фамилий вроде Адомайтиса или Янкайтиса.

Вторая, более спорная версия, — связь с русским или польским словом «баба» (женщина, крестьянка). В балтийских языках это слово тоже есть, но как заимствование, и обычно оно имеет сниженный или шутливый оттенок. Прозвище Баба могли дать мужчине с мягким характером, любящему поворчать, или тому, кто много времени проводил с женщинами. Однако для литовской ономастики такая мотивация встречается реже, чем патроним от христианского имени. Версия с прозвищем правдоподобна, но уступает первой по частоте.

Географически фамилия Бабайтис сосредоточена в Литве, особенно в Жемайтии и Аукштайтии, а в России и Беларуси — это следы переселений конца XIX — начала XX века, когда многие литовцы уезжали в Сибирь или на Дальний Восток. Встречаются варианты написания: Бабайтис, Бабайтьис, а в польских записях — Babajtis.

Сословно носители фамилии были в основном крестьянами и мелкими ремесленниками, так как литовские -айтис-фамилии массово закрепились именно за простыми людьми после отмены крепостного права. Дворянских родов с таким окончанием практически нет.