Фамилия Балнайтис — характерный пример литовской фамилии, которая заканчивается на "-айтис" (в оригинале -aitis). Это один из самых распространённых суффиксов в литовской антропонимии, обозначающий сына или потомка. Если перед вами Балнайтис, то его предок, скорее всего, носил прозвище или имя Балнас (Balnas) или Балнис (Balnis). Суффикс указывает на то, что фамилия образовалась в тот период, когда литовцы активно переходили от патронимических прозвищ (по отцу) к наследственным фамилиям — это XVI–XVIII века.

Основа «балн» (balnas) по-литовски означает «седло». Логично предположить, что первый носитель прозвища Балнас был седельником — мастером по изготовлению сёдел. В аграрной и военной Литве это ремесло было востребованным: седло нужно было и крестьянину, и шляхтичу. Вторая версия, менее вероятная, но встречающаяся в ономастике, — прозвище могли дать человеку с характерной осанкой или фигурой, которая ассоциировалась с седлом (например, сутулому или коренастому). Однако для литовских фамилий ремесленная версия всегда первична.

Фамилия почти не встречается в исконно русских землях и не имеет славянских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Её ареал — историческая Литва, особенно Жемайтия и Аукштайтия. В России или Беларуси Балнайтис мог появиться в результате переселений XIX–XX веков, когда литовцы переезжали в Сибирь или крупные города. В польских записях фамилию могли записывать как Bałnajtis или Bałnaytis, так как польская орфография передаёт литовское «а» через «ą» или «ał».

С точки зрения социального статуса — фамилия недворянская. Литовские фамилии на -айтис в большинстве своём принадлежали крестьянам и ремесленникам, а не знати, у которой были окончания -ич, -ский или двойные фамилии. Исключения единичны. Поэтому с высокой долей вероятности предки Балнайтиса были простыми людьми, работавшими руками.