Фамилия Беньяхъя — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует нестандартного подхода. С первого взгляда очевидно, что перед нами не славянское образование. В русской фамильной системе нет суффиксов, которые бы давали такое окончание. Основа «Беньяхъя» не делится на привычные корни вроде «Бень» + суффикс, а представляет собой цельное слово, скорее всего, транслитерированное с другого языка.

Наиболее вероятная версия — это русифицированная запись арабского имени или прозвища. В арабском языке есть имя Бин Яхья (بن يحيى), что буквально означает «сын Яхьи» (Яхья — арабская форма имени Иоанн, библейский пророк Иоанн Креститель). В русской записи «Бин» могло перейти в «Бень» под влиянием местного произношения или при адаптации через тюркские языки. Фамилии такого типа (с частицей «бин») характерны для народов Северного Кавказа, особенно для чеченцев, ингушей, аварцев, а также для татар и башкир. Носители фамилии Беньяхъя с высокой вероятностью имеют корни в одном из этих регионов.

Вторая, менее распространённая гипотеза, связывает фамилию с тюркским словом «бень» (или «бен»), которое может означать «родинка» или «я» (личное местоимение в некоторых диалектах). Однако сочетание с «яхъя» в этом случае не складывается в осмысленную конструкцию, поэтому версия с арабским именем выглядит гораздо убедительнее.

Окончание «-а» в русской записи — это типичная адаптация: фамилию склоняют по образцу существительных женского рода (Беньяхъя, Беньяхъи, Беньяхъей), хотя носитель может быть мужчиной. В среде происхождения фамилия, скорее всего, не склонялась и звучала как Беньяхъя или Бин-Яхья.

Что касается сословия: такие фамилии часто носили потомки духовных лиц или уважаемых старейшин, так как имя Яхья в исламе почитается как имя пророка. Но точных данных о социальном статусе конкретных родов нет. Географически фамилия встречается в основном в республиках Северного Кавказа и в татарской среде, а в центральной России — единично.

Таким образом, Беньяхъя — это не исконно русская фамилия, а результат транслитерации арабского патронима, указывающего на происхождение от человека по имени Яхья. Её носители, скорее всего, потомки мусульманских народов России, сохранивших в фамилии память о своём предке.