Фамилия Бердимуратов — типичный пример восточного именования, построенного по модели «имя отца + русский патронимический суффикс -ов». В основе лежит составное мужское имя Бердимурат, которое в тюркской традиции давали мальчикам, долгожданным после многих молитв. Первая часть имени — «берди» — восходит к древнетюркскому «дар (Божий)», «Бог дал». Вторая — «мурат» — заимствована из арабского, где означает «цель, намерение, желание; желанный». Вместе имя Бердимурат переводится как «Бог даровал желанного ребенка» — это пожелание и одновременно благодарность за рождение сына.

Фамилия распространена в среде народов Средней Азии, особенно у узбеков, каракалпаков и туркмен. В русских документах XIX — начала XX века она фиксируется у тех, кто пересекался с российским делопроизводством: например, в архивах Фонда «Шахидлар Хотирасы» отмечены Бердимуратов Мулла Ибрагим (1893 г.р.) и Бердимуратов Урдабак (1891 г.р.). В Книге памяти Астраханской области записан татарин Бердимуратов Харас Аджимухтарович (1891 г.р.) — это показывает, что фамилия встречалась и у поволжских татар, хотя для них более характерна форма Бердимуратов.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилию оформляли по русской бюрократической схеме: к имени отца добавляли окончание, обозначающее принадлежность («чей?»). В самой Средней Азии носители фамилии могли долго сохранять и исходную форму без суффикса — Бердимурат, пока советская паспортизация не закрепила вариант на -ов.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Бердимуратов стоит в одном ряду с Бердиевым, Муратовым и Бердимухаммедовым, но отличается тем, что в основе лежит не просто имя, а целая формула-пожелание. Это делает фамилию не столько родовым прозвищем, сколько застывшим благословением, которое предки дали своему сыну, а потом оно перешло к потомкам.