Фамилия Бердниченко образована по украинской модели: суффикс «-енко» в ней означает «сын» или «потомок». Следовательно, Бердниченко — это «сын Бердника». В основе фамилии лежит прозвище Бердник, которое указывает на профессию предка. Бердником называли мастера, работавшего с «бердом» — основной деталью ткацкого станка, напоминающей гребень. Через это приспособление пропускали нити основы, и от его качества зависела плотность ткани.

Прозвище Бердник относится к «профессиональным» именованиям: оно не просто называло ремесло, а закреплялось за человеком, который постоянно имел дело с бердом — изготавливал его или работал на станке. Ткачество было одним из самых распространённых занятий в крестьянском быту, поэтому фамилии с таким корнем встречаются часто, но именно форма Бердниченко выдает украинское происхождение рода. На русской почве та же основа дала бы фамилию Бердников.

Со временем прозвище вытеснило крестильное имя в повседневном обиходе и закрепилось в документах как наследственное. Таким образом, Бердниченко буквально значит «потомок ткача» или «сын мастера по берду». Фамилия редкая по написанию: вариант с двойным «н» (Бердниченко) встречается реже, чем Бердиченко, но оба восходят к одному корню.