Фамилия Берганова — редкая и неоднозначная, её происхождение можно связать как с тюркскими корнями, так и с русскими диалектными прозвищами. В обоих случаях основа фамилии — мужское прозвище или имя Берган, от которого через суффикс -ов образована форма Берганов, а Берганова — её женский вариант.

Самый вероятный путь — тюркский. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) встречается личное имя Берган. Оно составное: «бер» — «дай, дающий» и «ган» — суффикс, образующий причастие или имя. Вместе Берган можно перевести как «данный» или «дарованный» — нередко так называли долгожданного ребёнка, которого «даровали» свыше. Фамилия могла возникнуть у татар, башкир или других народов Поволжья и Приуралья, а затем, при переходе в русскую среду (например, через крещение или ассимиляцию), закрепиться с типичным русским патронимическим суффиксом -ов.

Менее распространённая, но возможная версия — русская диалектная. В некоторых говорах (особенно северных и сибирских) слово «берган» или «берганить» означало «ворчать», «брюзжать», «говорить невнятно». Прозвище Берган могли дать человеку с таким характером или манерой речи. В этом случае фамилия — чисто русская, образованная от бытового прозвища. Однако тюркская версия выглядит убедительнее, так как корень «бер-» в русских говорах нечастотен, а в тюркских — один из базовых.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально «сын Бергана» или «из семьи Бергана». Форма на -ова — стандартный женский вариант, который в русской традиции закрепился за дочерьми и жёнами. Географически фамилия встречается в основном в регионах с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также в Сибири — там, где шли активные контакты русских с тюркскими народами. В центральной России она редка.

Если предки носили фамилию Берганова, скорее всего, они были выходцами из тюркской среды, принявшими православие, или же русскими, жившими в смешанных регионах. Прозвище Берган могло закрепиться за конкретным родоначальником, который выделялся либо своим именем, либо характером. Точных сведений о сословной принадлежности нет — фамилия встречается и среди крестьян, и среди мещан, но не в дворянских родословных.