Фамилия Бэрнадын — редкая и необычная для русского уха, и её происхождение сразу вызывает вопросы. В ней нет привычных восточнославянских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на иноязычную основу. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из польского или белорусского языков, где она могла звучать как Бернадын или Бернадин.

Вероятнее всего, в основе фамилии лежит католическое мужское имя Бернард (Bernard), которое в просторечии и в польской традиции могло трансформироваться в Бернат, а затем — в Бернадын. Форма с буквой «э» (Бэрнадын) — это поздняя русификация или попытка передать на письме мягкое европейское произношение. В русских документах XIX — начала XX века такие фамилии часто записывали «на слух», поэтому встречается написание и через «е», и через «э».

Модель образования фамилии — патронимическая, то есть «сын Бернадына» или «потомок Бернадына». Суффикс -ын (в польском варианте -yn) указывает на принадлежность. Если бы фамилия была чисто русской, она выглядела бы как Бернардов. Но форма на -ын характерна для западнорусских земель (современные Беларусь, Украина, Польша), где католические и униатские имена давали основу для таких фамилий.

Вторая, менее вероятная, версия — прозвищное происхождение от слова «бернардын» (бернардинец). Так называли монахов католического ордена бернардинцев. В Речи Посполитой бернардинские монастыри были распространены, и фамилию мог получить либо выходец из монастырских крестьян, либо человек, служивший при монастыре, либо даже сам монах, который после секуляризации принял мирскую фамилию по своему ордену. Эта версия объясняет, почему фамилия не склоняется по типичной русской модели — она застыла в форме, близкой к латинскому оригиналу.

Географически фамилия Бэрнадын тяготеет к западным областям бывшей Российской империи: Гродненской, Виленской, Минской губерниям, а также к Волыни. Встречается она и у потомков польской шляхты, и у белорусских крестьян. Сословная принадлежность могла быть разной: от обедневших однодворцев до мещан. В современной России фамилия остаётся крайне редкой, её носители — почти наверняка потомки выходцев из западных губерний, переселившихся вглубь страны в XX веке.