Фамилия Бернацкие (и её мужская форма Бернацкий) — типичный пример фамилии, образованной от названия места, откуда был родом её первый носитель. Чаще всего такие фамилии на -ский/-цкий получали польские, украинские и белорусские дворяне, владевшие имением или происходившие из определённой местности.

Основа фамилии — топоним Бернаты или Бернатово. Таких названий несколько в Польше, Беларуси и на Западной Украине. Само название села или поместья, скорее всего, восходит к личному имени Бернат — народной форме католического имени Бернард (Bernard). В славянской среде имя переосмыслили: звук «р» выпал, и Бернард превратился в Берната. Имя было популярно в Польше и Великом княжестве Литовском, особенно в шляхетской среде.

Менее убедительная, но встречающаяся версия связывает фамилию с диалектным словом «берно» (из древнерусского «бервьно» — бревно). Сторонники этой гипотезы предполагают, что сначала существовало прозвище Бернацкий — «тот, кто из Бернова» (села, названного по брёвнам или лесной местности). Однако эта версия слабее: гораздо логичнее, что в основе лежит конкретное имя Бернат, а не редкое нарицательное слово. Фонетически фамилия Бернацкий прямо следует из модели «Бернат + -ск(ий)», то есть «принадлежащий Бернату» или «выходец из села Бернаты».

Суффикс -цк- (чередование т/ц) — стандартный для польской и западнорусской ономастики. В восточнославянских землях фамилии на -ский долго оставались привилегией знати, но к XVIII–XIX векам распространились и среди крестьян, особенно униатского и католического вероисповедания.

Фамилия Бернацкие — не единичный случай. В том же ряду стоят фамилии Бернатович, Бернацкий, Бернатов — все они образованы от того же имени Бернат. Разница только в суффиксе: -ович указывает на отчество («сын Берната»), -ский — на место или владение. Поэтому носители фамилии Бернацкие — потомки либо шляхтича из имения Бернаты, либо человека, переселившегося из такого села и получившего прозвище по прежнему месту жительства.