Фамилия Бешкильцев — редкий случай, когда географическая привязка оказывается убедительнее любого личного имени или прозвища. В основе фамилии почти наверняка лежит название населённого пункта, а не слово «бес» или «килька», как можно было бы подумать на слух.

Корень «Бешкиль-» явно восходит к тюркскому «беш» — «пять». Вторая часть, «-киль», скорее всего, искажённое «кюль» (озеро) или «кёл» (тоже озеро в тюркских языках). Вместе «Бешкиль» — «Пять озёр». На Южном Урале и в Зауралье, в зоне расселения башкир и татар, множество урочищ и бывших деревень с таким названием. Например, в Челябинской области есть озеро Бешкиль, а в Курганской — деревня Бешкиль. Именно оттуда, с топонима, и пошла фамилия: человек, переехавший из Бешкиля, получал прозвание Бешкилец, а его потомки становились Бешкильцевыми.

Суффикс «-ев» в фамилии стандартный для русского патронимического образования, но здесь он прирос к основе не от имени, а от прозвища по месту жительства. Форма «Бешкильцев» — это буквально «сын Бешкильца». Интересно, что фамилия сохранила твёрдое окончание «-цев», а не смягчённое «-цов», что характерно для северных и уральских говоров, где цокали и не редуцировали гласные.

Версия о происхождении от прозвища Бешкиль — «тот, кто бес (или бешено) киляет», то есть кидает, бросает — лингвистически слаба. Глагол «килять» не зафиксирован в русских говорах в таком значении. А вот связка «пять озёр» и реальная топонимика дают чёткий и единственный правдоподобный ответ.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами южных уральских и сибирских губерний. Дворянских родов с такой фамилией не известно. Фамилия нечастотная, её концентрация до сих пор заметна в Курганской и Челябинской областях — там, где и лежат те самые Бешкили.