Фамилия Бешкильцева — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Принадлежит к распространённому типу русских фамилий на -ев (в мужском варианте Бешкильцев), который указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Бешкилец. Суффикс -ец в основе — типичный для обозначения жителя какой-либо местности или выходца из неё (ср. тверич, вологжанин, но в более архаичной форме: пермяк — пермич; с добавлением -ец: рязанец, туляк). То есть Бешкилец — это человек, связанный с неким местом «Бешкиль».

Что такое «Бешкиль»? Наиболее вероятная версия — топонимическая. В русском языке фиксируется название реки Бешкиль (приток Исети в Курганской области) и одноимённого села в том же регионе. Происхождение гидронима — тюркское: от «беш» (пять) и «киль» (озеро, заводь, река). Таким образом, Бешкиль — «пять рек» или «пять озёр». Житель этой местности в прошлом получал прозвище Бешкилец, а его потомки стали Бешкильцевыми.

Менее вероятна, но допустима версия от прозвища, данного по внешности или поведению: диалектное «бешкий» в некоторых говорах означало «бешеный, неистовый». Но тогда логичнее ожидать форму Бешков или Бешкин, а не с суффиксом -ец, который жёстко привязан к месту. Поэтому топонимическое объяснение — основное.

Сословный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или казачьим: Зауралье, где протекает Бешкиль, — зона расселения сибирских казаков и государственных крестьян. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не отмечено.

Ударение в фамилии, по аналогии с другими на -цев, падает на второй слог: Бешкильцева. Форма Бешкильцева — просторечная, но встречается.