Фамилия Бессерт — одна из тех редких русских фамилий, которые не имеют славянских корней. Её основа — немецкое личное имя Бессерт (Bessert), которое, в свою очередь, восходит к древневерхненемецкому Berht-sind — «сияющий путь» или «светлый спутник». В эпоху христианизации германских земель, во второй половине VIII века, в немецкий язык начинают проникать библейские и греко-латинские имена (Адам — «первородный», Андреас — «храбрый», Виктор — «победитель»), однако имя Бессерт сохранило исконно германскую двухосновную структуру, что говорит о его догосударственном, родовом происхождении.

В русский язык фамилия попала через потомков немецких колонистов, приглашённых в Россию в XVIII—XIX веках. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев или -ин, Бессерт не подверглась русификации: она осталась без суффикса, в своей исходной форме. Это типично для остзейских и поволжских немецких фамилий, которые фиксировались в документах так, как звучали в речи переселенцев.

Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) отмечают, что подобные «чистые» основы без патронимического суффикса — верный признак относительно позднего заимствования, когда фамилия уже сложилась на родине и пришла в Россию готовой. Поэтому предки носителей фамилии Бессерт, скорее всего, были не крестьянами, получившими прозвище, а городскими ремесленниками, пасторами или управляющими, которые переселились целыми семьями и сохранили свою фамилию в неизменном виде.

Географически фамилия встречается в основном в бывших колониях немцев Поволжья и в Прибалтике. В современной России она остаётся редкой, что только подтверждает её локальное, непереосмысленное происхождение: в отличие от фамилий, возникших из прозвищ, Бессерт не имеет вариантов и не «обросла» народной этимологией.