Фамилия Бессер чаще всего имеет немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. В основе лежит немецкий глагол bezzern — «собирать штрафы». Отсюда прозвище Бессер давали человеку, чья работа была связана со взиманием денежных взысканий, то есть фамилия относится к «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности предка.

Среди еврейских фамилий встречается и другой тип — аббревиатуры, состоящие из начальных букв словосочетания (как, например, Кац от «коэн цэдэк»). Однако в случае с фамилией Бессер такая версия менее правдоподобна: в ней нет характерных формантов, типичных для ашкеназских фамилий (-сон, -ман, -кинд, -ер). Скорее всего, перед нами прямая основа от немецкого глагола, без дополнительных суффиксов.

В России фамилия встречается с XIX века. В Книге памяти Новгородской области упомянуты Виктор Людвигович Бессер (1901 года рождения, деревня Коломовка Чудовского района) и Владимир Людвигович Бессер (1906 года рождения). Отчество Людвигович указывает на немецкие или прибалтийские корни отца.

Самый известный носитель фамилии — Виллибальд Готлибович Бессер (1784–1842), российский ботаник, член-корреспондент Петербургской Академии Наук. Он родился в Австрийской империи, но большую часть жизни работал в России, изучал флору Подолья и Волыни. Его имя закрепилось в научных названиях нескольких видов растений.

Таким образом, фамилия Бессер — редкий пример прямого «профессионального» прозвища, заимствованного из немецкого языка, без дополнительных суффиксов и формантов.