Фамилия Бейскубаева — женская форма, мужской вариант — Бейскубаев. Она явно тюркского происхождения, причем сложная по составу: в основе лежит имя или прозвище Бейскуба, которое состоит из двух частей. Первая часть «бей» (или «бий») — в тюркских языках это титул, обозначающий вождя, князя, господина, уважаемого человека. Вторая часть — «скуба» — менее прозрачна. Скорее всего, это искаженное или диалектное произношение тюркского слова «скуба» или «скоп», которое могло означать «борода» или «усы» (ср. казахское «сақал» — борода). Таким образом, Бейскуба — это «господин с бородой» или «бородатый бей».

Впрочем, есть и другая версия: «скуба» может восходить к тюркскому корню со значением «собирать, копить». Тогда Бейскуба — «бей, собирающий (людей, богатство)», то есть предводитель или сборщик. Эта версия менее вероятна, так как прозвища по внешним признакам (борода) в тюркской среде были очень распространены, а вот «собирающий бей» звучит как описательное, а не личное имя.

Фамилия образована по стандартной тюркской модели: к основе (личному имени или прозвищу) добавляется притяжательный аффикс -ев/-ов (или -бай, -улы и т.д.). В данном случае русский суффикс -ев (в женском роде -ева) указывает на принадлежность: «из рода Бейскуба». Такое оформление характерно для фамилий, возникших в XIX—XX веках среди казахов, киргизов, башкир и других народов, попавших под влияние русской административной системы. Фамилия Бейскубаева (Бейскубаев) могла закрепиться при переписях или выдаче паспортов, когда отчество или родовое прозвище записывали по-русски.

Распространена фамилия преимущественно в Казахстане, реже — в соседних регионах России (Оренбургская, Астраханская области). Носители, скорее всего, происходят из среды кочевников-скотоводов или оседлых земледельцев, где прозвище «бородатый бей» могло указывать на уважаемого старшину рода или просто на человека с заметной бородой. Сословно это, вероятно, были «черные люди» (простые общинники), а не высшая аристократия, так как настоящие султаны и торе редко получали прозвища по внешности.

Встречается также вариант написания с буквой «ы» — Байскубаева, что подтверждает тюркскую основу «бай» (богатый, хозяин) вместо «бей». Оба варианта означают одно и то же: «хозяин с бородой» или «богатый бородач».