Фамилия Бейсова — женская форма, а её мужской вариант Бейсов. В основе фамилии лежит прозвище Бейс, и почти наверняка у него казахские корни. В Казахстане словом «бейс» называли чин обладателя власти, нечто вроде высокопоставленного чиновника или правителя. Поэтому прозвище Бейс, скорее всего, было профессиональным: так могли прозвать человека на руководящей должности, либо того, кто вёл себя властно и важно. Фамилия передаёт память о социальном положении предка, который, судя по прозвищу, занимал заметное место в обществе.

Существует и альтернативная, менее правдоподобная версия — еврейская. Согласно ей, прозвище Бейс связано с ивритским словом, означающим «время». В этом случае Бейсом могли назвать пунктуального человека, который строго следил за часами. Однако эта гипотеза слабее, так как фамилия устойчиво бытует в казахской среде, а профессиональное прозвание по чину встречается в ономастике гораздо чаще, чем прозвище за пунктуальность.

Фамилия образована по простой русской модели: к основе Бейс добавили типичный суффикс принадлежности -ов (в женском роде — -ова). Такой способ был распространён при оформлении нерусских фамилий в XIX–XX веках, когда прозвища и имена соседних народов «русифицировали» для документации. Таким образом, фамилия Бейсова — не случайный набор звуков, а указание на конкретного предка, который носил прозвище Бейс, и на его вероятное происхождение из казахской среды, где слово «бейс» имело чёткое социальное значение.