Фамилия Бейсекова — типичный пример казахской фамилии, образованной от личного имени. Её основа — мужское имя Бейсек. В казахском языке слово «бесік» (в диалектном произношении «бейсек») означает «колыбель». Скорее всего, так в семье называли младшего сына — того, кто дольше всех оставался в колыбели, самого младшего ребёнка. Это объяснение правдоподобнее альтернативной версии, по которой Бейсек — прозвище няньки или человека, присматривавшего за детьми. Такое прозвище вряд ли закрепилось бы как имя, а вот ласковое домашнее обращение к младшему сыну — вполне.

Фамилия оформлена по русской модели с суффиксом -ов, который в казахской среде присоединяли к именам при оформлении документов в XIX–XX веках. Женская форма Бейсекова указывает, что носительница — женщина; мужская форма этой же фамилии — Бейсеков. По сути, фамилия означает «потомок (или принадлежащий) того, кого звали Бейсек». В роду Бейсековых имя родоначальника, скорее всего, отражало его положение в семье как самого младшего ребёнка.