Фамилия Бейсекеев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Бейсекеев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Бейсекеев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Бейсекеев ведет свое начало от мусульманского мужского имени Бейсеке. Первая его часть восходит к древнетюркскому слову «бей» (фонетические варианты «бий», «би», «бек», «бег», «биг»), которое в переводе на русский язык означает «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». В основу второй части имени легло древнетюркское слово «секе» (фонетические варианты «сакен», «секен»), имеющее значение «уважаемый, спокойный, мудрый». Скорее всего, имя Бейсеке родители дали своему сыну с пожеланием вырасти мудрым и рассудительным руководителем. Как правило, такое имя давалось только в семьях знатных и богатый людей. Таким образом, фамилия Бейсекеев в буквальном смысле означает «уважаемый руководитель, спокойный господин». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Бейсекеев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Бейсекеев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.