Фамилия Бейсекеев восходит к тюркскому составному имени Бейсеке. Первая часть — «бей» (встречаются варианты «бий», «бек», «бег») — в древнетюркском языке означала «князь», «господин», «предводитель». Вторая часть — «секе» (или «сакен», «секен») — переводится как «уважаемый», «спокойный», «мудрый». Таким образом, имя Бейсеке в буквальном смысле обещало его носителю стать «уважаемым руководителем» или «спокойным господином». Скорее всего, такое имя давали в знатных и богатых семьях, желая сыну вырасти мудрым и рассудительным правителем.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный. В данном случае суффикс добавили к имени Бейсеке, и фамилия стала означать «потомок Бейсеке». Корни этой фамилии уходят в XV–XVII века, когда тюркские имена активно проникали в русскую среду, в том числе через выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев. Многие дворянские роды в России имели нерусское происхождение, и фамилия Бейсекеев — один из таких примеров, соединивших восточную основу с русским суффиксом.