Фамилию Бейсекенова вы вряд ли встретите в старых русских метрических книгах или в списках московского дворянства. Её основа — тюркская, и разговор о ней стоит начать не с суффикса, а с мужского имени Бейсекен, от которого она образована. Это составное казахское имя, где первая часть «бей» (бий) означает «князь, господин, правитель», а вторая — «секен». Слово «секен» в казахском языке имеет несколько значений: это и уменьшительно-ласкательная форма имени Секен (самостоятельное имя), и диалектное обозначение «прыгуна» или «скакуна», а в некоторых говорах — «шалуна». Таким образом, имя Бейсекен можно перевести как «господин-шалун» или «князь-скакун» — прозвище, скорее всего, данное бойкому, подвижному мальчику в знатной семье.

Женская форма Бейсекенова — это фамилия, закреплённая за дочерью или женой человека по имени Бейсекен. Суффикс -ов, привычный для русской ономастики, здесь работает как калька с казахской притяжательной конструкции: «принадлежащая Бейсекену». Такая модель — тюркское имя плюс русский фамильный суффикс — типична для народов Средней Азии и Казахстана, особенно в советский период, когда шла массовая паспортизация. Корни фамилии ведут в казахскую степь, скорее всего, в Южный или Западный Казахстан, где имя Бейсекен встречается чаще.

Говорить о каком-то едином сословии предков здесь сложно. Имя Бейсекен мог носить как потомок бия (родового судьи или старшины), так и простой кочевник, получивший прозвище за резвость. Но сама конструкция «бей» в имени указывает, что семья, вероятно, имела отношение к местной знати или уважаемым людям в ауле. В советское время фамилия стала массовой, и сейчас её носители живут не только в Казахстане, но и в России, особенно в регионах с казахскими диаспорами — Оренбургской, Астраханской областях.

В написании фамилии нет спорных моментов: ударение падает на третий слог — Бейсеке́нова. Варианты Бейсекинов или Бейсекенов встречаются, но форма с окончанием -а для женщин закреплена официально. Сравните с однокоренными: фамилия Бейсеков (без «-ен») образована напрямую от имени Бейсек, а Бейсекенов — от полной формы с уменьшительным суффиксом. Это редкий случай, когда уменьшительное имя стало основой фамилии, что добавляет ей теплоты и указывает на семейное, домашнее происхождение прозвища.