Фамилия Бесекенова — редкий случай, когда географическое происхождение можно определить почти наверняка, а вот корень остаётся загадкой. Носители фамилии сосредоточены в Казахстане и прилегающих регионах России (Оренбургская, Астраханская области), что сразу указывает на тюркскую основу. Суффикс «-ов» превращает исходное слово в русскую фамилию, но сама основа «Бесекен» явно не славянская.

Скорее всего, фамилия образована от личного имени или прозвища Бесекен. В казахском языке «бес» означает «пять», а «екен» — «оказывается», «ведь». Буквально «пять, оказывается» звучит странно для имени, но в кочевой среде числительные в именах встречались: так могли назвать пятого ребёнка в семье или родившегося в пятницу (пятый день недели). Есть и другая версия: основа восходит к диалектному «бесек» — «колыбель», с добавлением уменьшительного суффикса «-ен». Тогда Бесекен — ласковое прозвище младшего или долгожданного ребёнка, которого «качали в колыбели». Эта гипотеза правдоподобнее, потому что объясняет мягкость формы.

Модель образования типична для рубежа XIX–XX веков, когда казахи, входившие в состав Российской империи, получали русские фамилии путём добавления суффикса к отцовскому имени или прозвищу. Бесекеновы — потомки человека, которого в ауле знали как Бесекена. В отличие от фамилий на «-баев» или «-улы», эта сохранила редкую основу, не ставшую массовой.

В написании возможна путаница: из-за звучания фамилию иногда записывают как «Бисекенова» (через «и») или «Безекенова» (с «з»), но исходный вариант фиксируется именно через «е» в первом слоге. Сословной принадлежности предков определить по фамилии нельзя — Бесекеновы могли быть и скотоводами, и ремесленниками. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не существует, что подтверждает её народное, а не аристократическое происхождение.