Фамилия Бейсекенева — редкий для русского уха пример фамилии, образованной по тюркской модели, но с русским патронимическим суффиксом. Её основа — мужское имя Бейсекен, которое, в свою очередь, сложное. Первая часть, «Бей», восходит к тюркскому слову «бек» (господин, князь, правитель), а вторая — «секен» — скорее всего, вариант имени Секен, которое может быть производным от арабского «Сакина» (спокойствие, благодать) или казахского «секен» (небольшой кустарник, саксаул). Таким образом, имя Бейсекен можно перевести как «господин Секен» или «княжеский отпрыск Секен», что указывает на уважительное отношение к носителю имени.

Суффикс «-ева» — типичный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «дочь (или жена) Бейсекена». В казахской среде, откуда, скорее всего, происходит фамилия, женские фамилии часто русифицировали, добавляя окончание «-а» к основе, мужская форма — Бейсекенев. Такое сочетание тюркского корня и русского суффикса характерно для народов Средней Азии и Казахстана в период XIX–XX веков, когда при переписях населения фамилии фиксировали по русским стандартам.

Географически фамилия Бейсекенева почти наверняка привязана к Казахстану. Встречается она редко, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от конкретного рода или аула. В отличие от массовых русских фамилий на «-ов», здесь нет связи с ремеслом или прозвищем; фамилия прямо указывает на имя предка, что типично для патронимических систем у тюркских народов.

С точки зрения словообразования, интересен момент, что ударение в фамилии падает на третий слог (Бейсекéнева), что сохраняет ритмику тюркского имени. В русском языке такие фамилии часто коверкают, но носители обычно настаивают на исходном произношении. Если сравнивать с однокоренными, то можно вспомнить фамилии Бейсенов, Бейсембаев, где «Бей» также обозначает титул, но в Бейсекеневе более редкая вторая часть.

Социальный контекст: носители фамилии Бейсекенева, скорее всего, происходят из среды, где ценилось родство с уважаемым человеком (Бейсекеном). В казахской традиции имена с компонентом «бек» давали в знак знатности или пожелания высокого положения, но в советское время такие фамилии потеряли сословный оттенок и стали просто родовыми. Достоверных сведений о дворянском происхождении нет — скорее всего, это фамилия потомков зажиточного скотовода или сельского старосты.