Фамилия Бейсеков — классический пример тюркской модели образования, где к основе добавляется русский патронимический суффикс -ов. В данном случае основа — казахское личное имя Бейсек. В русской среде этот суффикс означает «сын» или «потомок», так что Бейсеков — буквально «сын (или потомок) Бейсека».

Само имя Бейсек восходит к казахскому слову «бесік» (в диалектном произношении — «бейсек»), что значит «колыбель». Это прозрачный намек на младшего сына: того, кто дольше всех оставался в колыбели, последнего ребенка в семье. Подобная традиция давать имена по «детским» признакам (Кенже — «младший», Бесік — «колыбель») широко распространена у казахов и других тюркских народов.

Менее вероятная, но возможная версия: Бейсек — прозвище человека, который присматривал за детьми или качал колыбель. Однако в ономастике чаще всего личные имена с таким корнем указывают на положение самого носителя в семье, а не на его профессию. Поэтому основная версия — именование по возрасту и очередности рождения.

Фамилия Бейсеков встречается преимущественно в Казахстане, что логично: она образована от казахского имени, но получила русское окончание в период массового закрепления фамилий в XIX–XX веках. Это типичная история для многих казахских родов, чьи имена были адаптированы под русскую бюрократическую систему.