Фамилия Бейсеева — женская форма фамилии Бейсеев, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками, в первую очередь с казахским и ногайским. В основе лежит мужское имя Бейсе, которое представляет собой диалектный или сокращённый вариант от Бейсембай, Бейсенбай или Бейсеке. Эти имена, в свою очередь, восходят к арабскому «бейсенбі» — «четверг». В тюркской традиции имя, данное по дню недели, было распространённым оберегом: считалось, что ребёнок, названный в честь дня рождения, будет под защитой этого дня. Таким образом, предок носительницы фамилии Бейсеевой, скорее всего, был назван Бейсе, потому что родился в четверг.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий, возникших на тюркской основе: к имени Бейсе добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягких и шипящих основ). Окончание -а указывает на принадлежность женщине. Это говорит о том, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде, вероятно, в период активных контактов между казахами, татарами и русским населением, особенно в XIX — начале XX века. Если бы фамилия осталась в чисто казахской среде, она звучала бы как Бейсеұлы (сын Бейсе) или Бейсеқызы (дочь Бейсе).

Географически фамилия Бейсеева наиболее часто встречается в Казахстане, особенно в северных и центральных областях, а также среди казахской диаспоры в России (Оренбургская, Астраханская области). Встречается и у татар, но реже. Интересно, что фамилия Бейсеев (и её женская форма) не имеет аналогов среди славянских фамилий — это яркий маркер этнического происхождения. В отличие от фамилий на -ов, которые могли образоваться от прозвищ или профессий, здесь основа — личное имя, что указывает на прямое родство с конкретным человеком по имени Бейсе.

В ономастических справочниках фамилия не зафиксирована как широко распространённая, что говорит о её относительно локальном бытовании. Вероятно, предки носительницы фамилии были скотоводами или земледельцами, а сама фамилия закрепилась в документах при переходе на оседлый образ жизни и получении паспортов в советское время. Никакой связи с дворянскими сословиями или известными историческими родами здесь нет — это народная, патронимическая фамилия, которая просто сообщает: «дочь (или потомок) человека по имени Бейсе».