Фамилия Бейсен чаще всего происходит от мужского личного имени, данного по дню рождения. В основе лежит тюркское слово «бейсенби» — «четверг». Именование Бейсен, таким образом, означало «рождённый в четверг». Такая традиция — называть ребёнка по дню недели — была распространена у многих тюркских народов: имя Чаршанба (среда), Джума (пятница), Шанбе (суббота) встречаются и поныне. Имя Бейсен давали мальчику, появившемуся на свет в четвёртый день недели, чтобы отметить это событие прямо в имени.

Поскольку фамилия образована напрямую от личного имени без дополнительных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин), её носители — в основном выходцы из тюркоязычной среды, где фамилии долго не были обязательными и фиксировались в документах уже в готовом виде. В отличие от русских фамилий, где к основе добавляли суффикс принадлежности, здесь сама основа стала фамилией. Типичные ареалы бытования фамилии Бейсен — Казахстан, Кыргызстан, Узбекистан, а также среди каракалпаков и туркмен. Встречается она и у тюркских народов Поволжья, например у татар и башкир, но реже.

Иногда фамилию путают с патронимом на -оглы (Бейсеноглы). Суффикс -оглы означает «сын такого-то» и характерен для азербайджанских, турецких и гагаузских фамилий. Однако фамилия Бейсен — это не усечённая форма от Бейсеноглы, а самостоятельное имя, ставшее фамилией. Встречаются также варианты написания: Бейсин, Байсен — они отражают диалектные особенности произношения, но смысл остаётся тем же: «четверговый».