Фамилия Бейсен образована от аналогичного имени, которое, вероятнее всего, восходит к тюркскому слову «бейсенби» со значением «четверг». Таким образом, именование Бейсен можно перевести как «рожденный в четверг». В старину у многих народов были распространены имена, указывавшие на время рождения ребенка. Тюркский корень -огло/-оглу/-оглы (в переводе «потомок, сын») типичен для турецких, гагаузских и прочих тюркских фамилий.