Фамилия Бейсенко — одна из тех, где основа говорит о многом, а суффикс уточняет географию. Корень «Бейс» — это, скорее всего, тюркское имя Бейсен (Байсен), которое восходит к арабскому «байсан» или тюркскому «бай» (богатый, господин) с аффиксом. В казахской и татарской ономастике имя Бейсен известно с давних пор, его нередко давали мальчикам, родившимся в среду (по-арабски «ас-сабт» — суббота, но в тюркской адаптации смысл мог смещаться). Таким образом, основа фамилии — личное имя, а не прозвище по занятию или внешности.

Суффикс «-енко» — классический украинский патронимический формант, означающий «маленький» или «сын». В XVII–XIX веках на Левобережной и Слободской Украине так образовывали фамилии от крестильных и бытовых имён: Бейсенко буквально — «сын Бейсена». Это указывает на то, что предок носителя фамилии был выходцем из тюркской среды (возможно, казак или переселенец из южных степей), который осел на украинских землях и получил фамилию по отцу. Встречается фамилия и в Беларуси, но реже — там преобладают формы на «-ович» и «-ич».

Интересная деталь: написание через «е» (Бейсенко), а не «Байсенко», говорит о том, что имя было зафиксировано в документах в русифицированной или полонизированной передаче. В метрических книгах XIX века можно найти варианты Бейсенков, Бейсенко, а иногда и Бейсин — последний уже с русским суффиксом. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Бейсенов — типично казахская или башкирская (с суффиксом «-ов»), а Бейсенко — маркер украинского бытования той же основы. География фамилии сегодня — преимущественно Украина (особенно южные и центральные области), а также русскоязычные регионы, куда переселялись в XX веке.

Сословной привязки нет: Бейсенко могли быть и казаками, и мещанами, и крестьянами. Фамилия недворянская, что типично для поздних патронимических образований. Споров о происхождении корня практически нет: тюркское имя-основа признаётся большинством ономастов, а суффикс «-енко» не оставляет сомнений в регионе оформления.