Фамилия Бейсекеев образована от мужского мусульманского имени Бейсеке, которое составлено из двух древнетюркских корней. Первая часть — «бей» (фонетические варианты «бий», «би», «бек», «бег», «биг») — переводится как «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Вторая часть — «секе» (варианты «сакен», «секен») — означает «уважаемый, спокойный, мудрый». Таким образом, имя Бейсеке в буквальном смысле значит «уважаемый руководитель» или «спокойный господин».

Вероятно, такое имя родители давали сыну с пожеланием вырасти мудрым и рассудительным лидером. Поскольку имя несло явный оттенок власти и достоинства, оно чаще встречалось в семьях знатных и богатых людей, где высокий статус считался естественным продолжением рода. Фамилия Бейсекеев закрепилась по казахской или общетюркской модели: к основе имени добавили русский патронимический суффикс -ев, который присоединяли к фамилиям на «а» и «е» в документах Российской империи. Поэтому в исходной форме фамилия звучала как «Бейсекеев» (сын Бейсеке).

Стоит обратить внимание на редкую словообразовательную конструкцию: в отличие от большинства тюркских фамилий на -ов/-ев, основа здесь не усекается, а сохраняется целиком. Это указывает на сравнительно позднее оформление фамилии в официальных записях, когда имя уже воспринималось как цельная единица без внутреннего склонения.

Фамилия распространена преимущественно в Казахстане и среди казахской диаспоры. Встречаются варианты написания Бейсекеев и Бейсекенов — последний может происходить от формы «Бейсекен» с тем же корнем «секе», но с другим аффиксом. В среде ономастов нет спора о происхождении: тюркская этимология прозрачна, и альтернативные версии (например, от арабского корня) не поддерживаются ни фонетически, ни исторически.