Фамилия Бейсекеев ведет свое начало от мусульманского мужского имени Бейсеке. Первая его часть восходит к древнетюркскому слову «бей» (фонетические варианты «бий», «би», «бек», «бег», «биг»), которое в переводе на русский язык означает «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». В основу второй части имени легло древнетюркское слово «секе» (фонетические варианты «сакен», «секен»), имеющее значение «уважаемый, спокойный, мудрый». Скорее всего, имя Бейсеке родители дали своему сыну с пожеланием вырасти мудрым и рассудительным руководителем. Как правило, такое имя давалось только в семьях знатных и богатый людей. Таким образом, фамилия Бейсекеев в буквальном смысле означает «уважаемый руководитель, спокойный господин».