Фамилия Биксилеев — редкий случай, когда корень слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. В ней сразу бросается в глаза нехарактерное для русских фамилий сочетание «бикс», за которым скрывается, скорее всего, тюркское или иноязычное прозвище.

Основа «Биксилей» или «Биксиля» может восходить к тюркскому имени Биксултан (бик — «крепкий, сильный», султан — «властитель») либо к прозвищу, связанному с диалектным словом «бикса». В русских говорах Поволжья и Сибири «биксой» называли бойкую, своенравную девушку, а в некоторых областях — и женщину лёгкого поведения. Если фамилия образована от такого прозвища, то родоначальником был человек, получивший это имя за характер или внешность. Однако более вероятна версия с тюркским мужским именем, которое при русификации утратило конечный слог и получило типичный русский суффикс принадлежности -ев (чей? — Биксилеев).

Суффикс -ев указывает, что фамилия сформировалась в среде, где патронимическая модель была основной: «сын Биксилея». Форма на -ев, а не на -ин, подсказывает, что основа оканчивалась на согласный или йот, что типично для заимствованных имён. Географически фамилия тяготеет к регионам, где русское население веками соседствовало с тюркскими народами: Поволжье, Приуралье, юг Сибири. В дореволюционных метрических книгах Биксилеевы встречаются среди крестьян и мещан Казанской и Симбирской губерний.

Есть и более прозаичное объяснение: в некоторых говорах «биксель» означало «мелкая монета», а «биксилей» могли прозвать скрягу или, наоборот, человека, который разменивал деньги. Но эта версия слабее — слово «биксель» фиксируется редко и в основном в западных диалектах, а фамилия явно восточного происхождения.

Таким образом, Биксилеев — фамилия, возникшая на стыке культур. Её носитель в XV–XVII веках, скорее всего, был выходцем из татарской или чувашской среды, получившим при крещении фамилию по имени отца, которое звучало как Биксиля или Биксилей.