Фамилия Биксалеев — редкий пример фамилии, образованной от тюркского имени через русский суффикс, но с неожиданным акцентом на втором слоге. В основе лежит имя Биксалей, которое состоит из двух частей: «бик» (бек, бий) — «князь, господин, правитель» и «салей» (салих, сале) — «праведный, благочестивый» или «молящийся». Таким образом, исходное имя означало «праведный князь» или «благочестивый господин». Суффикс -ев указывает на принадлежность: Биксалеев — «сын Биксалея».

Обращает на себя внимание ударение. В большинстве фамилий на -еев ударение падает на корень (Алексеев, Тимофеев), но в Биксалееве оно смещается на последний слог — Биксале́ев. Это может быть следствием адаптации тюркского имени, где ударение в исходной форме стояло на последнем слоге, или региональной особенностью произношения.

Фамилия почти наверняка имеет корни в среде татар или башкир, где имена с компонентом «бек/бик» были распространены. Географически она встречается в Закамье и на Южном Урале, в частности в Оренбургской области и Башкортостане. Родственные фамилии — Биксалиев, Биксалин, Биксанов — указывают на ту же основу, но с разными вариантами оформления. В отличие от более частых Бикбаевых или Бикмухаметовых, Биксалеевы — носители сравнительно редкой ветви, что говорит о локальном бытовании имени Биксалей, возможно, в одном селе или роду.

Сословная принадлежность предков могла быть разной: от рядовых крестьян до служилых татар, но без конкретных генеалогических записей утверждать что-либо сложно. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия недвусмысленно указывает на то, что первый носитель получил имя, прославлявшее его как благочестивого лидера, и это имя сохранилось в веках.