Фамилия Биксалин образована от тюркско-татарского личного имени Биксал. Это имя составное: первая часть «бик» переводится как «князь» или «господин», вторая — «сал» означает «крепкий» и «здоровый». Родители, называя так сына, вкладывали в имя пожелание, чтобы мальчик вырос сильным и физически крепким мужчиной, достойным уважения.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе Биксал добавили русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Фамилия Биксалин буквально значит «сын Биксала» или «из рода Биксала». Такой суффикс чаще встречается у фамилий, образованных от основ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный, что и произошло в данном случае.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, модель на -ин в русской среде считается древней и характерна для северных и центральных регионов России. Однако носители фамилии Биксалин могли происходить из областей, где издавна соседствовали русское и тюркское население — например, из Поволжья или Приуралья. Там подобные имена и фамилии были не редкостью.

Вторая версия, менее правдоподобная, связывает фамилию с диалектным словом «бикса» — так в некоторых говорах называли небольшую коробку или шкатулку. Но прозвище от такого предмета встречается редко, а корень «сал» в этом случае остаётся без объяснения. Поэтому версия с именем Биксал выглядит убедительнее: она логично объясняет обе части основы и вписывается в традицию тюркских двухосновных имён.

Сословной принадлежности фамилия не указывает. Биксалиными могли быть и крестьяне, и служилые люди, и купцы — точных данных нет. В дореволюционных записях фамилия встречается нечасто, что говорит о её относительной редкости и локальном бытовании.