Фамилия Бинаев — редкий случай, когда на первый взгляд ясная основа таит в себе как минимум две совершенно разные истории происхождения. Чтобы разобраться, нужно смотреть не только на корень, но и на суффикс. Форма Бинаев указывает на тюркское происхождение: суффикс -ев (фонетический вариант -ов) характерен для фамилий, образованных от имён или прозвищ, заканчивающихся на мягкий согласный или на -й.

Сам корень Бинай может восходить к тюркскому имени Бинай, что в переводе с ряда тюркских языков означает «тысяча» или «тысячник». В кочевой среде «тысячей» называли крупное военное подразделение, а её командира — тысячником. Таким образом, прозвище Бинай мог получить предок, который командовал отрядом в тысячу воинов, или же это было почётное имя, данное ребёнку с пожеланием богатства и многочисленного потомства (как «тысяча» — символ изобилия).

Однако есть и вторая, не менее правдоподобная версия, которая уводит нас в сторону арабского и персидского влияния. Имя Бинай может быть фонетическим вариантом имени Бина (от арабского «бина» — строительство, созидание) или же производным от имени Биниамин (библейский Вениамин). В таком случае фамилия Бинаев — это русифицированная форма отчества от мусульманского имени, которое через Кавказ или Среднюю Азию попало в русскую среду.

Географически фамилия Бинаев встречается преимущественно в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, среди азербайджанцев и народов Дагестана. В русских переписных книгах XVI–XVII веков эта фамилия не фиксируется, что косвенно подтверждает её позднее оформление — скорее всего, в XIX веке, когда массово закреплялись фамилии у нерусских народов империи.

Отдельного внимания заслуживает вариант написания Бинаев с двумя «н» — Биннаев. Такая форма встречается реже, но может указывать на иное ударение или диалектное произношение. В любом случае, перед нами фамилия, которая не имеет отношения к русскому глаголу «бить» или слову «бина» в значении «насыпь» — это чистый ономастический след Востока.