Фамилия Бискаева — редкий случай, где основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или кавказская. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ев (вариант -ов после мягкого согласного), остаётся корень Бискай. В русском языке такого слова нет, но в тюркских языках, особенно в карачаево-балкарском, кумыкском или ногайском, «бискай» или «бискей» может означать «маленький», «крошка» или «детёныш». Вероятно, так в прошлом называли младшего ребёнка в семье, хрупкого человека или просто давали ласковое прозвище.

Мужская форма фамилии — Бискаев. Суффикс -ев указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской среде или под русским влиянием, когда к прозвищу добавляли стандартное окончание, означающее «чей?» — то есть сын или потомок Биская. Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Нижнему Поволжью, встречается у осетин, чеченцев, ингушей, а также у астраханских татар и ногайцев. В осетинском языке есть близкое слово «быска» — «маленький», что поддерживает версию о прозвище по росту или возрасту.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с топонимом. На карте есть река Бискай в Краснодарском крае, но фамилия от названия реки обычно звучала бы как Бискайский, а не Бискаев. Поэтому прозвищное происхождение выглядит убедительнее.

В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не встречается — это говорит о том, что она, скорее всего, оформилась поздно, в XIX — начале XX века, когда горцам и кочевникам начали массово давать фамилии по отцу или прозвищу. Носители фамилии Бискаева — это потомки людей, которых в своём ауле или кочевье знали как «Биская» — маленького, младшего или щуплого. Никакой знаменитой династии или дворянского рода за этой фамилией не числится, но она чётко указывает на свои корни: Кавказ или южные степи.