Фамилия Бискаев происходит от тюркского имени Бискай. Его основа — слово «бис», означающее «пять», и уменьшительный суффикс -кай. Скорее всего, Бискаем называли пятого по счёту сына в семье. Такая традиция имянаречения — называть детей по порядку рождения — действительно встречалась у многих тюркских народов: так появлялись имена вроде Берди (один), Ишки (пара) или Беш (пять).

Фамилия образована по русской модели: к основе Бискай добавили суффикс принадлежности -ев, характерный для фамилий, возникших из тюркских имён. В этой модели суффикс -ев указывает на «сына Биская» или «потомка Биская». Фамилия оформилась уже в русской языковой среде, когда имя Бискай перестало употребляться самостоятельно и закрепилось в качестве родового прозвища.

Встречается она преимущественно на Южном Урале и в Зауралье — в Башкортостане, Челябинской и Оренбургской областях, где исторически жили башкиры, татары и казахи. Это подтверждает тюркское происхождение корня. Среди носителей фамилии Бискаев есть спортсмены, особенно в конном спорте и дзюдо, но в целом фамилия остаётся довольно редкой.

Однокоренные фамилии — Бискаев, Бискаев — встречаются в тех же регионах, но с разными суффиксами, что говорит о вариативности при адаптации тюркских имён в русской письменности. Иногда фамилию путают с Бискаевым, но это ошибка: вторая форма образована от имени Бискай с другим суффиксом -ев, а не от Бискей.