Фамилия Бизенков — относительно редкая, и её происхождение уходит корнями в прозвище Бизя, которое, в свою очередь, связано с диалектным словом «бизый». В русских говорах «бизый» означало «близорукий», «подслеповатый» или просто «плохо видящий». Логично предположить, что прозвище Бизя могли дать человеку с заметным дефектом зрения. Однако в народной традиции существовал и обратный ход: родители могли назвать ребёнка Бизей в качестве охранительного имени, чтобы «обмануть» нечистую силу и уберечь его от настоящей слепоты, надеясь, что мальчик вырастет зорким и внимательным.

Словообразовательная модель фамилии указывает на её украинские корни. Исходная форма — Бизенко, где суффикс -енко типичен для украинских фамилий и означает «маленький», «сын» или «потомок». Буквально Бизенко — это «сын Бизенка» или «потомок Бизя». Со временем, после переселения носителей этой фамилии в центральные русские области, произошла её русификация: к основе Бизенк- добавили типичный русский суффикс -ов, что дало окончательный вариант Бизенков. Таким образом, фамилия фиксирует не только прозвище предка, но и миграционный путь семьи. Аналогичные переходы (украинская основа + русский суффикс) встречаются у фамилий Бондаренков, Коваленков и других.

Стоит отметить, что версия с «близорукостью» — основная, но не единственная. В некоторых диалектах «бизый» могло иметь и другие значения, например, «неуклюжий» или «косой». Однако ономастический словарь Б. Унбегауна фиксирует именно значение, связанное со зрением, как наиболее вероятное для прозвищ такого типа.