Фамилия Блифернец — редкая, и её разбор требует внимания к необычной модели образования. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, эта фамилия имеет суффикс -ец, который характерен для западнославянского (польского, украинского, белорусского) ареала. Суффикс -ец обычно указывает на происхождение от географического названия или на принадлежность к определённой местности: «тот, кто из такого-то места». Соответственно, Блифернец — это человек, связанный с неким топонимом Блиферн или Блиферна.

Корень «Блиферн-» совершенно не типичен для славянских языков. Скорее всего, он восходит к немецкому топониму или личному имени. Наиболее вероятная версия — от названия города Блиферн (Blyfern), который существовал в исторической области Восточная Пруссия (ныне территория Польши и Калининградской области России). Немецкие названия с корнем «Blie-» (например, Bliesdorf) или «-fern» (дальний) могли трансформироваться в славянской среде в «Блиферн». Если предок носителя фамилии был выходцем из этого населённого пункта, то на новом месте его прозвали Блифернец — «тот, кто из Блиферна».

Альтернативная, но менее вероятная версия связывает фамилию с профессией или прозвищем. В немецком языке есть слово «Bläffer» (тявкающая собака, крикун) или глагол «bläffen» (лаять, грубо говорить). В таком случае прозвище «Блифер» могло означать сварливого или шумного человека, а суффикс -ец добавил бы значение «сын Блифера» или «человек, похожий на Блифера». Однако эта гипотеза слаба, так как суффикс -ец в славянских фамилиях крайне редко присоединяется к прозвищам, обозначающим черты характера — для этого есть модели на -ов/-ев и -ин.

С точки зрения словообразования, фамилия Блифернец — типичный пример фамилии-топонимика, возникшей в среде переселенцев. В Российской империи такие фамилии часто давали выходцам из немецких колоний, Прибалтики или бывших прусских земель. Сословно носители могли быть как крестьянами-переселенцами, так и мещанами или ремесленниками, но точных данных о распространении фамилии по сословиям нет из-за её редкости.

В современной России фамилия встречается единично, в основном на юге и западе страны, что косвенно подтверждает её западнославянские или немецкие корни. Написание «Блифернец» устойчиво, хотя в XIX веке могло колебаться между «Блифернец» и «Блифернець» (с мягким знаком на конце) под влиянием украинской орфографии.