Фамилия Бобетаев звучит нехарактерно для центральной России — её выдают южные, а точнее тюркские, черты. Основа фамилии, Бобета, скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу. В тюркских языках (особенно в казахском, киргизском, башкирском и татарском) компонент «боб» или «боп» может быть вариантом слова «баба» — предок, дед, уважаемый старец. Вторая часть, «ета», — это, вероятно, аффикс принадлежности или уменьшительно-ласкательный суффикс. Таким образом, Бобета могло означать «дедушка» или «почтенный старец» в ласкательной форме, а фамилия Бобетаев — «потомок Бобеты».

Суффикс -ев указывает на русскую модель патронимической фамилии, адаптированную к тюркской основе. В XIX — начале XX века, при переходе на оседлость и получении официальных документов, многие кочевые народы оформляли фамилии по русскому образцу: к имени отца (или деда) добавляли -ов/-ев. Бобетаев — типичный пример такой гибридной формы, где корень остался тюркским, а окончание — русским.

Географически фамилия наиболее вероятна среди казахов, киргизов, башкир или татар. Стоит отметить, что у самих тюрков встречается и фамилия Бобетаев без переосмысления, но с другим ударением — на последний слог. В русской среде ударение чаще падает на второй слог: Бобета́ев. Встречается также вариант написания с одной «т» — Бобетаев, но он менее распространён.

Сословно предки Бобетаевых, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, так как прозвище «дед» или «старец» не указывает на знатное происхождение, а скорее на возраст или уважение в общине. В редких случаях, если имя Бобета было дано при рождении, оно могло быть обережным — чтобы ребёнок рос здоровым, его нарекали «стариком». Точных исторических записей о фамилии в дореволюционных источниках мало, что подтверждает её позднее оформление и региональный характер.