Фамилия Бобинцов — редкий пример того, как географический суффикс перевесил более привычную словообразовательную модель. Если бы фамилию образовали по стандартному для центральной России правилу, мы бы имели Бобина или Бобинова. Но суффикс -цов указывает на то, что перед нами не просто «сын Боби», а человек, пришедший из определённого места — из села или деревни Бобинцы, Бобино или с хутора Бобинцов. Такая модель типична для южнорусских и украинских земель, где фамилии на -цов, -ев, -ин нередко закрепляли за переселенцем его прежнюю «прописку».

Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Бобин. В русской ономастике корень «боб-» многозначен. В первую очередь, это уменьшительное от «бобр»: Бобром или Бобинём могли прозвать человека за густые усы, пышную бороду или охотничью сноровку. Но есть и вторая, более прозаичная версия: Бобин — от слова «боб» (бобовое растение). В крестьянской среде такое прозвище давали невысокому, коренастому или, наоборот, очень худому человеку, а иногда и тому, кто выращивал бобовые на продажу.

Третья версия, которую приводят исследователи, — связь с диалектным «бобень» (нерасторопный, мешковатый человек). В говорах Псковщины и Тверской губернии это слово имело оттенок лени или медлительности. Таким образом, Бобинцов — потомок либо бобрового охотника, либо бобового огородника, либо просто медлительного мужика, которого за глаза дразнили Бобенем.

В документах фамилия встречается крайне редко. По переписям XIX века единичные носители фиксируются в Воронежской и Курской губерниях — как раз там, где суффикс -цов в прозвищных фамилиях был обычным делом. В советское время фамилия почти не распространилась за пределы этих областей, сохранив локальный характер.