Фамилия Бобоханова — женская форма фамилии Бобоханов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант, так как в русской традиции женские фамилии образуются от мужских путём прибавления суффикса -а.

В основе фамилии лежит имя или прозвище Бобохан. Это сложное слово, состоящее из двух частей. Первая часть — «бобо» — в тюркских языках (узбекском, таджикском) означает «дед», «предок», «старец», а также используется как почтительное обращение к старшему или духовному лицу. Вторая часть — «хан» — тюркский титул, обозначающий правителя, владыку. Таким образом, имя Бобохан можно перевести как «почтенный хан», «дед-хан» или «господин-предок». Вероятно, так называли уважаемого человека, старейшину рода или авторитетного наставника.

Фамилия образована по русской модели с помощью патронимического суффикса -ов, который присоединялся к основе имени отца. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «Бобоханов» — сын Бобохана, потомок Бобохана. Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде, где смешивались тюркские имена и русская административная традиция. Это типично для регионов Средней Азии, Поволжья или Кавказа, где в XIX–XX веках фиксировали фамилии по отчеству при переписях и паспортизации.

Географически фамилия Бобоханова чаще всего встречается в Узбекистане, Таджикистане, а также среди народов, испытавших влияние тюркской и персидской культур. В России она редка и обычно принадлежит выходцам из этих регионов. Интересно, что в отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён, Бобоханова сохраняет доисламские или мусульманские корни, не связанные с православным календарём.

С точки зрения словообразования, фамилия Бобоханов стоит в ряду с такими фамилиями, как Бобожонов, Бобоев, где основа «бобо» встречается часто. Однако добавление «хан» делает её более редкой и статусной: если Бобоев — просто «сын деда/предка», то Бобоханов подчёркивает иерархию и почтение, намекая на знатное или духовное происхождение предка.