Фамилия Бобоходжаев — одна из тех, что сразу выдают среднеазиатские корни носителя. Её основа — арабско-персидское составное имя Бобоходжа, где первая часть «бобо» (в тюркских языках — «дед», «предок», а также почтительное обращение к старцу или духовному наставнику) соединяется со второй — «ходжа» (от персидского «хваджа» — «господин», «хозяин», «наставник», титул потомков пророка Мухаммеда или просто уважаемый человек). Вместе имя Бобоходжа буквально означало «почтенный старец-наставник» или «дед-ходжа», подчёркивая высокий социальный или религиозный статус человека.

Модель образования фамилии — русский патронимический суффикс -ев, добавленный к восточному имени. Это типичная история для народов Средней Азии, попавших в состав Российской империи: при записи в метрики или во время переписей к местному имени прикрепляли русское окончание, превращая его в фамилию по отцу. Бобоходжаев — «сын Бобоходжи». С точки зрения словообразования фамилия прозрачна и не содержит спорных элементов.

Географически фамилия Бобоходжаев чаще всего встречается в Узбекистане, Таджикистане и среди выходцев из этих регионов в России. Это объясняется распространённостью имени Бобоходжа именно в оседлых земледельческих и городских общинах Ферганской долины и Самаркандской области, где сильно влияние исламских традиций и культа святых (аулиё). В отличие от многих других среднеазиатских фамилий, Бобоходжаев редко встречается среди кочевых народов — «ходжа» указывает скорее на принадлежность к потомкам пророка или к духовному сословию, что было характерно для горожан и земледельцев.

Редкость фамилии — в её составной структуре. В русской ономастике фамилии с двумя корнями, где оба не славянского происхождения, встречаются нечасто. Можно сравнить её с однокоренными Бобоев, Ходжаев или Бобохонов: Бобоходжаев стоит особняком, так как фиксирует сразу два титула в одном имени, что делало его обладателя человеком с двойным авторитетом. Предки современных Бобоходжаевых, скорее всего, были либо потомственными религиозными деятелями (ишанами, муллами), либо уважаемыми старейшинами в махалле, чей статус передавался по наследству.